Pondok Pesantren Muhammadiyah Boarding School (PPM MBS) Yogyakarta berencana meningkatkan kapasitas tempat ibadahnya dengan mambangun Masjid baru. Hal ini dilakukan karena jumlah santri yang telah mencapai 2800 siswa. Masjid lama tidak mampu menampung semua siswa untuk melaksanakan kegiatan sholat berjamaah secara terpusat. Untuk itu PPM MBS Yogyakarta menyelenggarakan Sayembara Nasional Desain Gagasan Masjid Pusat dan membuka pendaftaran pada bulan Februari 2020 untuk umum.
Pendaftaran diikuti oleh 78 tim dari seluruh Indonesia. Dengan produk yang harus dikirimkan berupa siteplan, denah, tampak, potongan, perSpektif dan detail arsitektur dalam bentuk poster A2 hardcopy. Pada tanggal 17 Agustus diumumkan 10 tim yang lolos ke babak selanjutnya. Kemudian 10 tim tersebut diwajibkan untuk mengirimkan berkas-berkas pendukung dan video presentasi. Hingga pada tanggal 17 Oktober 2020 diputuskan 3 tim dengan peringkat teratas. Juara satu diperoleh peserta nomor 006 / MBS.SM / 2020, juara dua diperoleh nomor peserta nomor 056 / MBS.SM / 2020 dan juara 3 diperoleh peserta nomor 039 / MBS.SM / 2020 yang merupakan Mahasiswa Arsitektur UMS, terdiri dari Fajar Sidik NIM D300170004, Dicky Putra NIM D300170007, dan Ridha Salma NIM D300170022.
Pada proses desain tim dari Mahasiswa Arsitektur UMS melakukan pendekatan dari sejarah pendirian PPM MBS Yogyakarta. PPM MBS Yogyakarta didirikan karena adanya keprihatinan para kader muda Muhammadiyah yang merasakan betapa minimnya generasi kader persyarikatan di wilayah Prambanan dan sekitarnya. Sekolah–sekolah Muhammadiyah yang ada belum bisa menjadi jawaban akan kurangnya stok kader dimasa yang akan datang. Sehingga muncul sebuah gagasan untuk mengembangkan sekolah yang sudah ada untuk menjadi sebuah pesantren dengan muatan kurikulum terpadu antara umum dan pesantren untuk mencetak kader-kader Muhammadiyah di masa yang akan datang.
Semangat MBS dalam mencetak kader-kader unggul yang istiqomah dibawah pundi Persyarikatan Muhammadiya dianalogikan dengan bentuk/massa batu kali. Batu kali diibaratkan sebagai wujud ke-istiqomah-an karena batu kali mampu bertahan ditengah arus sungai yang terus mendorongnya menuju hilir. Massa batu kali inilah yang mejadi ide dasar transformasi bentuk desain Masjid Pusat PPM MBS Yogyakarta.
